共有10只可捕捉的神兽，包括闪电鸟、火焰鸟、急冻鸟、超梦、雷公、炎帝、水君、凤王、露琪亚以及代欧奇希斯。闪电鸟位于发电站最深处，进入后需按照特定路线前进，经过多个房间转折后到达目的地。火焰鸟则出现在1号岛上方的灯火山顶部，需要使用怪力术推开岩石才能见到。急冻鸟位于双子岛深处，需通过19号水道和20号水道抵达，并将岩石推入地洞中才能触发遭遇。
超梦的捕捉条件较为特殊，需要玩家收集齐8个道馆徽章并成功击败四天王后才能前往华蓝洞窟寻找。雷公、炎帝和水君这三只神兽在通关后可以在东地区草地随机遇到，但它们的特性是遇到后就会逃跑，需要采取特殊策略才能成功捕捉。凤王和露琪亚的获取方式与其他神兽不同，它们不能通过常规游戏剧情捕捉，而是需要通过参加官方活动才能获得触发条件。
代欧奇希斯的捕捉地点在诞生之岛，需要使用特殊船票前往。在火红和叶绿版本中，部分神兽的捕捉存在版本差异，比如第九岛的代欧奇希斯形态会根据游戏版本不同而有所区别。某些神兽如凤王和露琪亚的捕捉在正常游戏流程中无法完成，这需要玩家了解额外的获取途径。
捕捉神兽时建议做好充分准备，包括携带足够的高级球、时间球等特殊精灵球，以及让宝可梦学会催眠、冰冻等状态技能。部分神兽如急冻鸟的捕捉过程需要解决推石头谜题，正确的顺序是上→右→下→左，错误的推动可能导致无法继续前进。三圣兽的随机出现机制也要求玩家有足够的耐心在特定区域反复探索。
神兽的等级普遍在50级左右，这意味着玩家需要培养足够强大的队伍才能应对战斗。在发电站捕捉闪电鸟时，迷宫结构较为复杂，建议提前记录路线。而火焰鸟所灯火山区域则需要先完成一系列岛屿任务才能到达。这些神兽不仅是图鉴收集的重要部分，也能在后续对战中发挥关键作用，因此了解它们的准确位置和捕捉方法对玩家来说至关重要。
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